יונתן בן עוזיאל חי ופעל בשלהי תקופת בית המקדש השני. הוא נמנה בין תלמידיו של הלל הזקן, ונחשב לבכיר שבכולם: "שמונים תלמידים היו לו להלל הזקן… גדול שבכולם – יונתן בן עוזיאל…" (סוכה דף כ"ח). בהתאם לכלל בגמרא "גדול מרבן – שמו", אף יונתן בן עוזיאל – כמו רבו הלל הזקן – אינו נושאים בתואר "רבי" או "רבן", מה שמעיד יותר מכל על גדולתם ומעלתם.
במסכת בבא בתרא (דף קל"ג ע"ב) מסופר כי פעם אחת קיבל לידיו יונתן בן עוזיאל בצוואה נכסים של אב שמנע מבניו את הירושה: "מעשה באדם אחד שלא היו בניו נוהגין כשורה, עמד וכתב נכסיו ליונתן בן עוזיאל". שמאי הזקן – בר הפלוגתא של הלל– ניסה לקיים את הצוואה ולהשאיר את הבנים בחוסר כל, אולם יונתן מצא דרך מחוכמת להחזיר לבנים לפחות חלק מן הירושה, ואמר לו: "שמאי אם אתה יכול להוציא את מה שמכרתי ומה שהקדשתי – אתה יכול להוציא מה שהחזרתי". שמאי נאלץ לסגת מעמדתו.
יונתן בן עוזיאל נודע יתר מכל בזכות המפעל העצום של תרגום ספרי הנביאים לארמית. כך מתאר זאת התלמוד: "תרגום של תורה – אונקלוס הגר אמרוֹ; …תרגום של נביאים – יונתן בן עוזיאל אמרוֹ מפי חגי זכריה ומלאכי" (מגילה ג'). תרגום יונתן התקבל באופן גורף בכל קהילות ישראל, ובבתי כנסת שנהגו לקרוא בהם תרגום – זהו הנוסח הנקרא בציבור. חלקים מתרגום יונתן אף שולבו בנוסח התפילה, והוא מצוטט בתלמודים, במדרשים ואף בספרות הזוהר כתרגום הבלעדי של ספרי נביאים שבתנ"ך.
ככל מעשה תרגום, גם פרסומו של תרגום יונתן לווה בחששות כי הלימוד בתרגום יבוא במקום העיסוק הישיר בפסוקי התנ"ך, או שזרים שאינם ראויים לכך יכירו מעתה את תוכן הפסוקים ויוכלו לעשות בכך שימוש לרעה. מכיוון שיונתן בן עוזיאל שילב בתרגום גם מדרשים וסתרי תורה, נוסף גם החשש מפני חשיפת סודות התורה. על כך אומרת הגמרא (שם): "נזדעזעה ארץ ישראל ארבע מאות פרסה על ארבע מאות פרסה… יצאה בת קול ושאלה: "מי הוא זה שגילה סתריי לבני אדם?", עמד יונתן בן עוזיאל על רגליו והשיב: "אני הוא שגליתי סתריך לבני אדם". לדבריו, לא עשה זאת מתוך נגיעה אישית אלא לכבוד שמים, "כדי שלא ירבו מחלוקות בישראל".