המרכז הארצי לפיתוח המקומות הקדושים פועל מכוח החלטות ממשלת ישראל בדבר הקמת ארגון גג של כל הגורמים הממשלתיים והציבוריים הקשורים באתרי המקומות הקדושים בישראל, על מנת לקדם פעילות חינוך והסברה וחיזוק מעמד האתרים הקדושים וכן להבטחת יישומן של תקנות השמירה על המקומות הקדושים ליהודים, התשמ"א-1981 במקומות הקדושים ליהודים בארץ ישראל.
המרכז פועל כזרוע ביצועית של המשרד לשירותי דת בכל הקשור לאחזקה ופיתוח של אתרי המקומות הקדושים בארץ ישראל. מתוקף תפקידו, מטפל המרכז הארצי בשגרת התחזוקה השוטפת של האתרים הקדושים ואחראי על פעולות סדרנות ואכיפת הסדר במקום הקדוש, אספקת שירותים כמו מים, חשמל, ניקיון, אספקת תשמישי קדושה ועוד לטובת המבקרים במקומות הקדושים.
כמו כן, מטפל המרכז בהילולות ובאירועים הקשורים לאתרי המקומות הקדושים בישראל כגון הילולת הרשב"י במירון, הילולת יום הזיכרון לרחל אמנו ועוד.
המרכז אף עוסק באיסוף כספי צדקה ותרומות מהמבקרים באתרים הקדושים המצויים בתחום אחריותה למטרות אלו, לרווחת המבקרים.
בשנה האחרונה ביקרו במקומות הקדושים הנתונים לאחריות החברה קרוב ל-3 מיליון איש, כאשר המבקרים באתרים באים מכל שכבות החברה הישראלית, דתיים וחילוניים כאחד ואף רבים מבין המבקרים הינם תיירים יהודים ושאינם יהודיים מכל קצוות תבל.
כחלק מפיתוח האתרים הקדושים, המרכז פועל לשיפור הבטיחות והנראות של האתרים בהיבטים אדריכליים ומבניים, להסדרה ושיפוץ ציון הקבר של קודשי ישראל, ומתחשב באופי המקום הקדוש ובכל הנדרש לפיתוח האתר וסביבתו כיאה למקום קדוש.
ריכוז כל המקומות הקדושים בארץ ישראל תחת גוף אחד, הביאה לשיפור ניכר ברמת השירות לציבור המבקרים במקומות הקדושים, ולקיום ההילולות לרווחת הציבור.
המרכז פתוח ומאזין להצעות ייעול ולחילופין לכל תלונה ומשתדל לתת טיפול מעמיק והולם לפניות הציבור במקביל לתשומת הלב המיוחדת הניתנת לסדר ולניקיון במקומות הקדושים.
