פעם אחת היה רבי פנחס בן יאיר עוסק בפדיון שבויים. הגיע לנהר גינאי ולא היה יכול לחצות את שטף המים. אמר: "גינאי, חלוק לי מימך ואעבור בך". לאחר שעבר רבי פנחס, עצר הנהר את שטפו עוד פעמיים לבקשתו של אותו צדיק:פעם עבור אדם שהיה טעון חיטים לפסח, ופעם עבור ישמעאלי אחד שנלווה אליהם ולא רצה לקפחו. כאשר הגיע לאכסניה הביאו לפני חמורו שעורים, ולא רצה לאכול. חבטו והכו אותו – אך החמור בשלו. עד שיצא אליהם רבי פנחס בן יאיר ואמר להם: שמא לא עשרתם את התבואה? עשרו אותה ומיד אכל. אמר להם: "ענייה זו הולכת לעשות רצון קונה – ואתם מאכילין אותה טבלים? (חולין דף ז' ע"א). הגמרא מספרת גם כי רבי יהודה הנשיא ביקש לעמוד בקשר עם רבי פנחס בן יאיר, אולם כשבא רבי פנחס לבית הנשיא ראה פרדות לבנות באורוות והקפיד כיוון שהן מסוכנות לבריות: "מלאך המות בביתו של זה – ואני אסעוד אצלו?". במקרה אחר הפקידו אצלו שני נוודים כמות קטנה של שעורים, ושכחו אותם והלכו להם. רבי פנחס בן יאיר היה זורע את השעורים ושומר את היבול, שהלך וגדל משנה לשנה. לסוף שבע שנים עברו שם אותם אנשים אצלו ונזכרו בפקדון הישן. הראה להם רבי פנחס גורן עמוסה ומלאה כל טוב. עוד מעשה שהיה כאשר הלך לעיר אחת וסיפרו לו תושביה שהם סובלים ממכת עכברים. שאל אותם: "לָמָּה אֵין אַתֶּם מַפְרִישִׁין מַעְשְׂרוֹתֵיכֶם כָּרָאוּי". רבי פנחס בן יאיר התחייב בפניהם באופן אישי שאם יקפידו על מעשרות תסור מהם מכת העכברים – וכך היה. במקרה אחר נשטפה בתו של נחוניה חופר שיחין בנהר. באו וסיפרו לרבי פנחס בן יאיר. אמר להם: מובטח אני בה שלא תינזק, שהרי אביה מקדיש את חייו לספק מים לרבים בעזרת הבורות שחופר. ואכן לא חלפו רגעים אחדים והשמועה פשטה בעיר כי בתו של נחוניה הצליחה להיחלץ מן השטפון ושבה בריאה אל העיר. אָמְרוּ רַבּוֹתֵינוּ: כֵּיוָן שֶׁאָמַר רַבִּי פִּינְחָס בֶּן יָאִיר כָּךְ, יָרַד מַלְאָךְ וְהֶעֱלָה אוֹתָהּ (דברים רבה פר' ג). כאשר הגיע זמנו של רשב"י להסתלק מן העולם כינס את בני החבורה לשמוע את חידושי התורה העליונים אשר נודעו לימים כאדרא זוטא. רבי שמעון מסביר כי בפעם הקודמת שהיה חולה – עדיין היה עדיין חתנו רבי פנחס בן יאיר בן החיים, ובזכותו האריכו לו את ימיו בעולם הזה עד שישיג השגות רוחניות נוספות. בפתח דבריו הסביר רשב"י לבני החבורה כי הקב"ה ונשמות הצדיקים באות עתה לשמוע את דבריו – מה שלא אירע קודם לכן, ובראש הבאים היתה נשמתו של רבי פנחס בן יאיר יחס עם נשמת רב המנונא סבא, אשר המתינו לרשב"י בגן עדן שיצטרף אליהם במקומו אשר נבחר לו שם (זוהר ח"ג דף רפ"ז ע"ב)
