במקורות התנאים מוזכרים שני חכמים בשם רבי חלפתא: רבי חלפתא איש כפר חנניה, ורבי חלפתא דציפורי. יש המזהים בין שני האישים הללו, אולם סביר יותר כי היו אלו שני חכמים שונים.
משמו של רבי חלפתא איש כפר חנניה הובאה מימרה אחת במסכת אבות: "עשרה שיושבים ועוסקים בתורה – שכינה שרויה ביניהם". על רבי חלפתא דציפורי ידוע מעט יותר בשל היותו אביו של אחת הדמויות המרכזיות במשנה – רבי יוסי בר חלפתא, הנקרא גם רבי יוסי דציפורי. בין השאר מעיד רבי יוסי על אביו שראה בירדן את האבנים אותן הקים יהושע במעבר הירדן (סוטה ל"ד).
מלבד רבי יוסי היו לרבי חלפתא עוד כמה בנים, ביניהם רבי שמעון בן חלפתא, צדיק ועני שלא רצה להתפרנס מן הצדקה. רבי שמעון היה מקורב לרבי חייא הגדול, והמדרש (ירושלמי ברכות פ"א, א) מספר עליהם כי היו מהלכים בלילה בבקעת ארבל "וראו איילת השחר שבקע אורה. אמר רבי חייא: …כך היא גאולתן של ישראל, בתחילה קימעא קימעא, כל מה שהיא הולכת – היא רבה והולכת".